На вокзалах установлены специальные контейнеры и урны для раздельного сбора бытовых отходов – бумаги, пластика, стекла. Пассажирам рекомендуется придерживаться новой технологии, оповещения об этом звучат по громкой связи вокзала. Собранный материал будет отправляться на переработку. Отметим, на Южно-Уральской магистрали уделяется большое внимание снижению техногенного воздействия на окружающую среду. В 2013 году на ЮУЖД на природоохранные мероприятия было направлено свыше 115 млн рублей. Инвестиционные средства ОАО «РЖД» по проекту «Обеспечение экологической безопасности» на ЮУЖД составили 59,8 млн рублей. Текущие затраты железнодорожных предприятий составили 55,5 млн рублей.
В июне 2013 года на ЮУЖД стартовала ежемесячная акция «Ноль негативного воздействия на окружающую среду». В результате удалось сократить потребление электроэнергии на 223,5 тыс. кВт, топливно-энергетических ресурсов – на 147 тонн условного топлива. Количество загрязняющих выбросов сокращено на 90,5 тонны. В ходе акции железнодорожники высадили 500 деревьев и кустарников.