На Южно-Уральской магистрали с 2011 года функционирует специальное экологическое подразделение – Центр охраны окружающей среды. Работники Центра следят за соблюдением на железнодорожных предприятиях природоохранного законодательства, экологических стандартов и регламентов, координируют деятельность по снижению негативного воздействия на окружающую среду.
Проводить непрерывный мониторинг влияния химических и физических факторов деятельности на окружающую среду работникам помогает собственная лаборатория экологического контроля. В состав лаборатории входит современное оборудование. Для организации оперативного мониторинга на ЮУЖД функционируют экологический вагон-лаборатория и 2 передвижные лаборатории на базе автомобилей.
Центр охраны окружающей среды координирует реализацию на ЮУЖД сетевого экологического проекта «Зеленая пятница». Каждую последнюю пятницу месяца с 13 до 15 часов железнодорожники на два часа приостанавливают работу оборудования и техники, не задействованных в обеспечении движения поездов. С января по май 2014 года таким образом было сэкономлено 39,67 тонн топливно-энергетических ресурсов, сокращено потребление электроэнергии на 181,75 тыс. кВт, сокращено выбросов в атмосферный воздух на 1,745 т. Кроме того, работники провели уборку 334,52 тыс. кв. м производственных территорий, вывезли 167,48 тонн отходов, провели озеленение на 14,19 тыс. кв.м территорий структурных подразделений, высадили 639 деревьев и кустарников.