Практически все структурные подразделения министерства промышленной политики и инноваций области являются ответственными исполнителями и закреплены за шестью из 22 федеральных программ, реализуемых на территории области

Это программы: «Энергоэффективная экономика» на 2002-2005 годы и на перспективу до 2010 года подпрограмма «Энергоэффективность в сфере потребления»; «Электронная Россия (2002-2010 годы)»; «Развитие гражданской авиационной техники России на 2002-2010 годы и на период до 2015 года»; научно-техническая программа «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники» на 2002-2006 годы; федеральная целевая Программа «Повышение безопасности дорожного движения в 2006-2012 годах»; программа «Социальное развитие села до 2010 года — развитие связи».